El Estudio Teológico Agustiniano imparte el Ciclo Institucional de Estudios Eclesiásticos constituido por seis cursos académicos. Dicho Ciclo Institucional se divide en un bienio filosófico y en un cuatrienio teológico. El bienio filosófico se imparte de forma cíclica y los tres últimos cursos del cuatrienio teológico son también cíclicos. Cada uno de los cursos está formado, a su vez, por dos cuatrimestres de quince semanas lectivas. Todas las asignaturas son cuatrimestrales. Se consideran asignaturas principales las que tienen al menos 3 Hs./4,5 Cr. El resto de las materias son secundarias. Latín, Griego Bíblico, Idioma Moderno y Metodología de la Investigación son asignaturas auxiliares. El Ciclo Institucional culmina para los alumnos ordinarios con la obtención del título de Licenciado en Estudios Eclesiásticos, que corresponde al título canónico de Bachiller en Teología, tras el oportuno examen de grado y una vez cumplidos los requisitos establecidos. Los alumnos que finalizan con éxito todo el Plan de Estudios, pero no realizan el examen de grado obtienen el título de Diplomado en Estudios Eclesiásticos. El reconocimiento de efectos civiles a los títulos canónicos se encuentra legislado en el Real Decreto 3/1995 de 13 de enero (BOE de 4 de febrero de 1995). El Centro imparte además un Curso de Especialización Didáctica de la Religión y Moral Católica en sus dos especialidades de Educación Infantil y Primaria y de Educación Secundaria. Al culminar con éxito el Curso se otorga un Diploma acreditativo del mismo. La realización de dicho Curso se encuentra entre los requisitos necesarios para obtener, de parte de la Comisión Episcopal de Enseñanza y Catequesis, la Declaración Eclesiástica de Idoneidad para la enseñanza de la religión.